يتولى قسم التخطيط والمتابعة مهمة رسم سياسات الكلية وإعداد الخطة التشغيلية السنوية الموحدة، والخطط الاستراتيجية لكلية الامام الاعظم الجامعة، وإعداد المنفذ الفعلي من الخطة السنوية وتوثيق عمل الأقسام والشعب العلمية والإدارية بجمع البيانات عنها، وإعداد الدليل الإحصائي للكلية وإعداد الدليل الإحصائي للألقاب العلمية للتدريسيين ومتابعة الهيكل التنظيمي للكلية، وإعداد الوصف الوظيفي وتحديث برنامج القوى العاملة الخاص بوزارة التخطيط والتعاون الانمائي.
• شعبة الخطة و المتابعة :ـــ
تقوم الشعبة بإعداد الخطة السنوية والخطط الاستراتيجية لكلية الامام الاعظم الجامعة، وإعداد المنفذ الفعلي من الخطة السنوية وتوثيق عمل الاقسام العلمية والإدارية بجمع البيانات ومراجعة ومقارنة الخطط للسنوات السابقة والحديثة، ومتابعة تنفيذ الخطة بشكل دوري معززة بالأرقام والبيانات الإحصائية وتحديد الإيجابيات في الخطة وتشخيص السلبيات والمعوقات وإيجاد الحلول المناسبة لها.
• شعبة القوى العاملة :ــ
تتولى مهمة تحديث برنامج القوى العاملة الخاص بوزارة التخطيط والتعاون الإنمائي وإرساله الى ديوان الوقف السني شهريا وبناء قاعدة معلومات رصينة من خلال جمع وإعداد البيانات المطلوبة في برنامج القوى العاملة.
• شعبة الإحصاء :ــ تتولى مهمة بناء قاعدة بيانات رصينة وذلك بجمع وإعداد المعلومات و البيانات الإحصائية الخاصة بمنتسبي الكلية من التدريسيين والاداريين، وإعداد الدليل الاحصائي للألقاب العلمية والدليل الاحصائي الخاص بالكلية وتوزيعه على أقسام الكلية، وإعطاء موقف إحصائي للقيادات العليا في الكلية لغرض إتخاذ القرارات الصائبة والسليمة التي تصب في مصلحة الكلية